第三季开篇，纽约迎来了短暂的和平。但很快，来自X维度的“龙族”通过时间裂缝降临，他们的目标是吞噬地球的能量核心。龙族战士个个实力碾压神龟，就连科技感十足的克朗也不是对手。在绝境中，被囚禁的施莱德提出了一个疯狂的计划：利用他的复活盔甲和神龟们的忍者技巧，制造一支“反龙族战队”。李奥纳多必须学会信任这个杀父仇人；米开朗基罗则试图用幽默感感化施莱德。最终，施莱德为掩护神龟们撤退而牺牲，完成了一个反派最壮烈的洗白。
这一季的动作戏全面升级，引入了“铠甲系统”，神龟们的造型更酷。剧情不再是非黑即白的打斗，而是探讨了“和而不同”以及“敌人的敌人是朋友”的复杂主题。情怀分拉满，打斗分爆表。
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