柯南和小五郎等人受邀参观海上自卫队的最新宙斯盾驱逐舰“宙斯”。在体验模拟战时，舰上突然发生爆炸，并发现一名自卫官被杀害。柯南调查发现，舰上混入了来自某国、代号“X”的间谍，其目标是窃取宙斯盾核心机密并炸毁军舰。在有限的出海时间内，柯南与海上自卫队、国防部间谍以及FBI展开合作，在充满高科技装备和狭窄舱道的军舰上与间谍斗智斗勇。最后，柯南在极限环境下推理出X的真实身份，并阻止了军舰被远程炸毁的危机。
剧场版中军事元素最浓的一作，密闭空间中的悬疑氛围营造出色。间谍身份的反转有惊喜，最后柯南用足球拦截鱼雷的经典动作场面依然让人热血沸腾，粉丝不容错过。
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